明成祖迁都北京后,仍然保留了南京的都城地位,并保留了一套中央机构。
南京和京师一样,设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构,官员的级别也和京师相同。
北京所在府为顺天府,南京所在府为应天府,合称二京府。